2016 wurde geschätzt, dass weniger als 200 ausgewachsene Philippinen-Krokodile in der Natur überhaupt noch am Leben sind. Sie waren auf nur drei getrennte Standorte verteilt. Die Populationen gingen im Vergleich zum historischen Niveau stark zurück. Zum Glück hatten sich zu diesem Zeitpunkt Zoologische Gärten der Art schon angenommen. Das Europäische Zuchtbuch (ESB) war schon 2012 worden eingerichtet. Es wird vom Kölner Zoo verwaltet. Alle ESB-Teilnehmer unterstützen vor Ort den Schutz philippinischer Krokodile im Norden.
Für die Zucht wurden 15 junge Krokodile vom Palawan Wildlife Rescue & Conservation Center importiert und vom philippinischen Ministerium für Umwelt und natürliche Ressourcen ausgeliehen. Die erste Zucht in Europa gelang 2013 im Kölner Zoo. Der Zoo in der Domstadt hat sich nicht nur dadurch zu einem Zentrum für umfassende Krokodilforschung, einschließlich Studien zum Sozial- und Fortpflanzungsverhalten, entwickelt. Danach stellten sich auch weitere Zuchterfolge in anderen Zoos ein.
Parallel führten Feldforschungen zur Entdeckung einer neuen Population im Süden der Philippinen. Zudem konnte ein geeigneter Lebensraum für die Einführung von Krokodilen im Paghungawan-Sumpfgebiet auf der Insel Siargao identifiziert werden. Eine ausgewilderte Population von in Menschenobhut gezüchteten Krokodilen hatte sich dort bereits erfolgreich vermehrt. Daher sollen dorthin auch die ersten ESB-Tiere gebracht werden. Hulky und Dodong, die im Juli 2015 im Kölner Zoo im Rahmen der ersten Naturbrut schlüpften, wurden dazu auserkoren. Diese beiden Männchen wurden im Dezember 2020 auf die Philippinen umgesiedelt. Weitere Krokodile folgten.
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